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听说你想把pheatmap和ggplot2拼在一起
在《一个更好用的pheatmap》一文中介绍了pheatmap的新功能，它输出为一个pheatmap的对象，这个对象在终端上打出来，会出来图，你可以用ggplot2::ggsave()来保存图片，文章的结尾处卖了一个关子，就是用cowplot来拼，这个有许多人问过我，因为大家一般都认为cowplot只能用于ggplot2的输出，pheatmap感觉好像不太行，而且在很多人的感觉中，画图代码不是ggplot2写的，就是base写的，而pheatmap看上去就像是base一般，其实它是grid写的，我在下面两篇文章中都有示例代码，用于拼pheatmap，不过一般人看过了，也只是留下一点印象，终究还是记不住，因为涉及到grid的知识。
现在我们有一种你一定能记得住的方法了，以后再也不用问pheatmap怎么拼图了，首先pheatmap产生的是一个对象，然后这个对象我们可以用ggplot2给画出来，然后自然而然你能够用cowplot去拼，再熟悉不过了，如果这都不能理解记住，那我也没办法了。
有个pheatmap的输出
d <- matrix(rnorm(100), ncol=10)
library(pheatmap)
p <- pheatmap(d)
转为ggplot对象
require(ggplotify)
g = as.ggplot(p)
画另一个图，并拼在一起
g2 = DOSE::simplot(d)
cowplot::plot_grid(g, g2, ncol=2)
三步曲，就是这么简单，这是一个通过的方式，来一个对象，转成ggplot，拼图，打完收工。好像《转UpSet图为ggplot?》一样，能转的对象还有很多，这样第一可以方便我们拼图，第二可以方便我们图上嵌图，而这两个妙处，皆在《转UpSet图为ggplot?》一文中有所展示，当然还有第三个好处，比如你想在这张热图上加点什么，你去改pheatmap的代码试试，我则笑而不语地用ggplot2把事情干了。ggplotify前世今生，请猛击《ggplotify简史》。
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